Sunan Giri nama aslinya adalah Raden Paku, saat kecil diberi nama Joko Samudra oleh Nyai Ageng Pinatih, ibu angkatnya. Ketika berumur 11 tahun, Nyai Ageng Pinatih mengantarkan Joko Samudra untuk berguru kepada Raden Rahmat atau Sunan Ampel di Surabaya. Karena jarak Gresik dan Surabaya lumayan jauh, Sunan Ampel kemudian menyarankan agar Joko Samudra mondok saja di pesantren Ampeldenta supaya lebih konsentrasi dalam mempelajari agama Islam.
Terkuaknya Jati Diri Raden Paku
Pada suatu malam, seperti biasanya Raden Rahmat hendak mengambil air wudhu guna melaksanakan salat tahajud, mendoakan muridnya dan mendoakan umat agar selamat di dunia dan di akhirat. Sebelum berwudhu Raden Rahmat menyempatkan diri melihat-lihat para santri yang tidur di asrama. Tiba-tiba Raden Rahmat terkejut. Ada sinar terang memancar dari salah seorang santrinya. Selama beberapa saat beliau tertegun, sinar terang itu menyilaukan mata. Untuk mengetahui siapakah murid yang wajahnya bersinar itu maka Raden Rahmat memberi ikatan pada sarung murid itu. Esok harinya diketahuilah bahwa ikatan sarung itu adalah milik Joko Samudra, Raden Rahmat semakin yakin bahwa anak itu pastilah bukan anak sembarangan. Kebetulan pada saat itu Nyai Ageng Pinatih datang untuk menengok Joko Samudra. Kesempatan itu digunakan Sunan Ampel untuk bertanya lebih jauh tentang asal-usul Joko Samudra.
Nyai Ageng Pinatih menjawab sejujur-jujurnya. Bahwa Joko Samudra ditemukan di tengah selat Bali ketika masih bayi. Peti yang digunakan untuk membuang bayi itu hingga sekarang masih tersimpan rapi di rumah Nyai Ageng Pinatih. Teringat pada pesan Syekh Maulana Ishak sebelum berangkat ke negeri Pasai maka Sunan Ampel kemudian mengusulkan Nyai Ageng Pinatih agar nama anak itu diganti menjadi Raden Paku.
Raden Paku Menuntut Ilmu ke Makkah
Setelah bertahun-tahun belajar agama di padepokan, Joko Samudra dan putra Sunan Ampel, Raden Maulana Makdum Ibrahim (Sunan Bonang), diutus Sunan Ampel untuk menimba ilmu di Makkah. Tapi, mereka harus singgah terlebih dahulu untuk menemui Syaikh Maulana Ishaq, yang sesungguhnya ayah dari Joko Samudra atau Raden Paku. Sunan Ampel mempertemukan Raden Paku dengan ayah kandungnya. Setelah belajar selama tujuh tahun di Pasai kepada Syaikh Maulana Ishaq, mereka kembali ke Jawa. Pada saat itulah, Maulana Ishaq membekali Raden Paku dengan segenggam tanah, lalu memintanya mendirikan pesantren di sebuah tempat yang warna dau bau tanahnya sama yang diberikannya.
